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本局有局長一名、副局長三名以及主任秘書一名，其管理單位涵蓋了預防科、偵查科、檢肅科、司法科、紀錄科、國際刑警科、後勤科、秘書室、督察室、保防室、公共關係室、國際刑警電台、偵防犯罪指揮中心、警備隊、偵查一至八隊、會計室、人事室、刑事鑑識中心任務編組(包括指紋室、法醫室、以及鑑識科)、科技犯罪防制中心任務編組(包括資訊室、刑事研究發展室、通訊監察中心以及偵九隊)、國際刑事偵查隊任務編組。