本局指紋室掌管全國指紋資料，自民國三十八年蒐集指紋以來，目前已逾一千萬份。為因應龐大之卡片管理及業務需要分設綜合、分析、鑑定三組，其職掌分別為：綜合組綜理各項綜合業務，辦理指紋教育訓練、指紋設備採購、指紋電腦化及現場勘查等事項；分析組辦理十指紋卡之蒐集、分析、建檔、儲存，一般案件如路倒病患、遊民、無戶籍人口、無名屍等身分比對鑑定，及其他支援工作；鑑定組辦理有關全國各項刑事案件之指紋鑑定工作以及其他支援工作。